Есть риск получить затопленный подвал со всеми вытекающими. Что касается вреда для фундамента - стоящая там вода безусловно наносит ему повреждения, но они минимальные. Многие дома, построенные 30-40 лет назад стоят с постоянно затопленными подвалами и кроме сырости на первых 3-х этажах никаких видимых негативных тенденций не видно.
Но если есть выбор - я бы посоветовал не брать квартиру в доме слишком близко к водоему.